不公开表态不等于没有态度。对康、梁维新派,李鸿章实际暗中支持。1898年6月11日光绪下诏明定国事,历史上的“百日维新”开始。16日光绪召见康有为,命在总理衙门章京上行走。康有为退下时途中遇到李鸿章,李的脸色大变,悄悄将荣禄参骇康有为、刚毅反对授官康有为之事告他,意在要康留神。还有一次,荣禄到颐和园谒见慈禧太后,正好李鸿章因太后赏他食品要向太后谢恩故同被召入。荣禄要在太后面前告状说康有为非法乱制,皇上如果听从必将有大害;同时他以李鸿章“多历事故”,应对太后直陈变法的害处。李鸿章则以叩头称“太后圣明”搪塞支应,并将此密告康有为。变法的各项措施如奖励工商等都是李鸿章多年主张的,其中将科举考试中的“八股”废掉,改为策试更得李鸿章赞赏。维新派本想废科举办学堂,但考虑到如果这样会遭到天下读书人的反对,所以妥协改为只是废八股,改为策试。李鸿章早就认为应该废科举,兴办学样,但他也深知其中艰难,所以维新派的仅仅是改八股为策试即使他兴奋不已。他曾对人说:“康有为吾不如也”,因为废八股“吾欲为数十年而不能,彼竟能之,吾深愧焉”。当然,但是,这种赞赏都是私下的。当李鸿章听说废八股遭到许多读书人反对、甚至有人放风要刺杀康有为时,特派人前往康处,要康“养壮士,住深室,简出游以避之”;康有为奉命出京,李还“遣人慰行”,加以保护。创办京师大学堂时,他曾劝奉旨管理大学堂事务的孙家鼐请康有为出任总教习,虽然此议未成,但对京师大学堂创办、发展起过重要作用的西学总教习美国人丁韪良(Martin,William Alexander Parsons)则是因他与孙家鼐的力荐就任的。丁韪良后来对人说:“戊戌举办的各种新政,惟设立大学堂一事,李鸿章认为最关重要,赞助甚力。”