同年5月海军高等参谋部改名海军军令部。海军内部的规章上写着军令部与陆军参谋部地位平等,互相独立,是海军最高单位。但实际上政府把军令部放到了陆军管辖之下,规定:战时参谋总长不仅拥有陆军军令权,还掌握海军军令权。
甲午战争爆发,为了确保胜利,日本内部暂时达成了一致,陆海军联合侵略。甲午战后,海军自认表现不输于陆军,要求论功行赏,坚持“海陆对等”,陆军坚决不干,最后海陆军高官们一齐给睦仁上书,请求裁断,但问题被睦仁搁置。
到了日俄战争前,为了和列强开战,日本军方互相妥协最终,《战时大本营条例》(敕令第293号)决定:天皇之下设置大本营,明确说明参谋总长及海军军令部长为各自部队的参谋之长,陆海军终于平等。
但是平等之后事更多,地位上两军平等了,那么军费争夺上、国家发展上(该向哪侵略)又出现了新矛盾,这种矛盾贯穿于始终,直到日本战败,旧日本军队被解散双方矛盾才彻底消除。