天启二年,三党联合做大的局面终因三党利益不同而分崩离析。这期间不乏东林党从中作梗、合纵连横,进而形成了东林、楚党两党联盟的局面,而熊廷弼也于前年(天启元年)丢失辽阳后,再被任命为辽东经略。因为是两党执政,所以封疆大吏名额分割上就得有东林党一份,东林党王化贞为辽东巡抚,双方互相监视。但是与实干家熊廷弼不同,王化贞“为人騃而愎, 素不习兵, 轻视大敌, 好谩语”(《明史》),完全是个纸上谈兵的角色。
针对日益紧张的辽东局势,熊廷弼主张“请调兵二十余万, 以兵马、刍糗、器械之属责成户、兵、工三部。”主张朝廷要举全国之力守住辽东,而王化贞则说:“我兵不必多……,有李永芳内应在,粮草可无运……,可不战而捷也”,这完全是空想。但是当时首辅是东林党叶向高,最终在边疆大吏的战略争论中,叶向高支持了王化贞,叶向高称赞王化贞“条议凿凿”(《明熹宗实录》)。最终熊廷弼势单力薄,他的主张皆不能实行,空有经略名号,实权皆在巡抚手中。
而天启年间正是阉党形成之时,以当时的内阁大臣沈铭缜带头,迅速形成了祸国殃民的阉党。沈铭缜觊觎首辅之位,遂以刘一燝曾推荐的熊廷弼入手,诬陷熊廷弼通敌叛国,对熊廷弼大肆攻击,他的最终目的是要打倒刘一燝。