巴黎大学成立之初设立了艺学院、法学院、医学院、神学院。其中艺学院是基础学院,主要教授“七艺”课程,除此以外,艺学院还根据地域划分为四个民族团。民族团设有首领,负责管理本民族的司法及财政事务,四个首领再推选其中一位担任校长一职,负责管理所有行政及教务事务。
但是,巴黎大学成长之路并非一帆风顺,是由巴黎大学全体师生在首领及校长的带领下,与教皇、君主、市民斗争,才换得一片乐土。
政教授权之争的时代,谁赢得巴黎大学,谁就是王者。1200年,巴黎大学的几名学生与酒馆老板发生冲突,引起当地民众的不满情绪,并杀死了这几名学生。而巴黎大学的师生听闻此消息后,向国王提出申诉,原来法王腓力二世曾授予巴黎大学的师生一个特权,就是“人身不受市民伤害”。国王为平息师生情绪,拉拢人才,最终判巴黎市长终身监禁,并且处置了参与斗殴的市民。
而教皇英诺森三世就聪明多了,直接颁布了旨在保护巴黎大学师生的1208年特权敕令,其中就一个要求:今后每一位巴黎市长在上任前要宣誓执行巴黎大学的特权。可以说,特权敕令的颁布使得巴黎大学获得了独立的司法权。这一敕令的颁布,被认为是巴黎大学正式成立的标志。